La sua opera più nota sono le "Institutiones Theologicæ", che furono usate quasi in tutti i seminari di Francia ed anche negli Stati Uniti e Canada e che gli valsero un posto importante fra i teologi del diciannovesimo secolo. Inizialmente pubblicate sotto forma di tredici trattati separati fra il 1818 ad il 1833, le "Institutiones" vennero in seguito raccolte in sei volumi pubblcati in questa forma fino al 1852.

L'opera fu criticata da molti teologi contemporanei, che vi videro ispirazioni cartesiane e gallicane, per questo motivo fu emendata da una commissione nominata da Pio IX che ne rimosse i passi discutibili (ottava edizione del 1853). Dopo la morte di Bouvier, ulterirmente rimaneggiata dai colleghi di Le Mans, l'opera divenne un manuale di riferimento adottato da molti seminari.

Nonostante le polemiche sollevate dalle "Institutiones", Bouvier non venne emarginato, anzi fu chiamato in Roma dallo stesso Pio IX per partecipare alla definizione del dogma dell'Immacolata Concezione. Giunto in questa città, ivi morì nell'anno 1854.

Note biografiche a cura di Massimiliano Zattera