Nacque a Milano il 20 Aprile 1814. Si laureò in medicina a Pavia e presso la stessa università divenne assistente di zoologia. Nel 1840 si trasferì a Milano per tenere un ciclo di lezioni di zoologia, mineralogia e geologia al Museo Civico.
Nel 1848 fu chiamato all'Università di Torino per prendere il posto che fu di Giuseppe Gené, morto l'anno prima e che fu zoologo dalle idee marcatamente fissiste, alla cattedra di zoologia. Sovvertendo appunto le opinioni del suo predecessore, sviluppò in questo periodo buona parte dei lavori di zoologia sistematica, di embriologia e di anatomia comparata che lo misero in luce tra i naturalisti italiani dell'epoca. Nel 1862 prese parte a una missione scientifico-diplomatica in Persia alla quale parteciparono anche Michele Lessona (vedi) e Giacomo Doria. In seguito a questo viaggio pubblicò Nuove o poco note specie di animali vertebrati raccolte in un viaggio in Persia nell'estate dell'anno 1862. Nel 1865 fu invitato ad imbarcarsi come naturalista sulla pirocorvetta Magenta per un viaggio di circumnavigazione. Ma non poté portare a termine questo viaggio. Nel gennaio del 1867, gravemente malato al fegato, fu sbarcato ad Honk-Kong dove pochi giorni dopo morì. La cattedra di zoologia e la direzione del Museo di Torino che Carlo Alberto gli aveva affidato vent'anni prima passarono quindi al suo allievo ed amico Michele Lessona (vedi).
Insieme a quest'ultimo aveva pubblicato qualche anno prima (1864) un curioso e interessante libro (Ore perdute) sui vari "perché" della scienza
La lezione "L'uomo e le scimie" tenuta a Torino la sera dell'11 gennaio 1864 fu probabilmente la prima occasione pubblica in Italia nella quale si parlò della delicata questione dell'origine dell'uomo. Precedentemente solo Giovanni Cappellini, insegnante di geologia all'università di Bologna ne aveva accennato nelle sue lezioni.

Fonti:
* Michele Lessona (vedi), Filippo De Filippi in "Nuova Antologia" - Firenze Dicembre 1867.
* Michele Lessona (vedi), Naturalisti italiani - Roma - 1884.
* Jakob Moleschott, commemorazione di Filippo De Filippi tenuta all'accademia delle scienze di Torino il 7 aprile 1867.

Note biografiche a cura della redazione di Paolo Alberti.